Der Krankheitsverlauf entwickelt sich oft erst nach Wochen oder Monaten, so dass der Zusammenhang zwischen dem Zeckenbiss und den Symptomen leicht übersehen wird. Viele Infektionen verlaufen überhaupt symptomlos.
Wenn Symptome auftreten, sind das vorerst Müdigkeit, Appetitlosigkeit und Fieber. Im weiteren Verlauf können Steifigkeit der Gliedmaßen, Muskelkater, Schwellungen und Schmerzen in den Gelenken auftreten, besonders intensiv gleich nach dem Aufstehen
Bei schwererem Verlauf, wenn sich die Erreger über die Blutbahnen im Körper verteilt haben, kommt es zu Nervenentzündungen, Überempfindlichkeiten im Rückenbereich, Lähmungserscheinungen und Problemen mit Herz und Nieren.
Ein Nachweis der Borrelien in Blut oder Harn ist nicht möglich. Empfohlen werden serologische Antikörper-Tests, die aber auch (in beiden Richtungen) falsche Ergebnisse bringen können.